Laureato all'Università di Bologna Gian Paolo Brizzi ha prestato la propria attività di docente e di ricercatore in questa Università fino al 1986, dapprima come borsista e assistente, poi come professore associato di Storia moderna. Professore ordinario dapprima all'Università di Sassari (dal 1986) è quindi tornato all'Alma Mater nel 1996.
Membro dell'International Commission of the History of Universities, segretario generale del Centro interuniversitario per la storia delle università italiane (Cisui), Brizzi è anche direttore dell'Archivio storico dell'Alma Mater.
E' tra l'altro responsabile locale del progetto FIRB Percorsi fra le università storiche, direttore della rivista Annali di storia delle università italiane e membro del comitato scientifico di alcune riviste come Cuadernos del Instituto Antonio de Nebrija de Estudios sobre la Universidad e Quaderni di storia dell'università di Padova.